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子宫腺肌症的病因本病病因至今不确切。1908年Cullen明确提出基底层内膜肆虐是大多数子宫腺肌病的病因。研究找到，人体所有空腔器官都有粘膜下层，而只有子宫值得注意。
粘膜下层的主要起到就是制止腺体向肌层内生长，而维持向空腔方向生长。因此，目前多数研究者指出子宫腺肌病是基底层内膜细胞炎症、入侵到肌层问质的结果。而关于引发内膜基底层和间质炎症的因素现有四种理论：1、与遗传有关；2、受损，如刮宫和剖宫产；3、低雌激素血症；4、病毒感染。
其中，闻名低雌激素血症与子宫腺肌病的关系引人注目。有数实验和研究指出：雌激素和/或孕激素特泌乳素也许是子宫腺肌病再次发生所必须的；溴虚亭有可能切断子宫腺肌病的再次发生。更加近期的研究提醒患有子宫腺肌病妇女的世在位内膜和异位内膜都制备雌激素，这些雌激素有可能影响子宫腺肌病的生长；子宫腺肌病肌层中芳香化酶和雌酮硫酸酯酶的活性都较对照组明显强化。
虽然子宫腺肌病的许多症状与子宫内膜异位症互为类似于，但其病因和病理展现出并不完全相同。至目前为止，医学界对子宫腺肌病的病因和发作机制尚能没确切的理解。
目前，可以认识到的是：子宫腺肌病的病因和发作机制是主要与子宫基底内膜腺体侵润、子宫基底内膜向上生长和内陷的结果。另外，孕激素可以导致宫腔内压力的升高，减少子宫内膜内陷的再次发生，在腺肌病的病灶区域经常出现子宫肌肉肿大、炎症有可能子宫肌层对异位的子宫内膜的反应性病变。
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